Этот рецепт работает только для старых версий debian. Как это запретить для новых (bookworm, trixie) версий без правки существующих файлов конфигурации, я не знаю.

Отключаем насовсем использование инкрементальных обновлений метаинформации (pdiff):

# echo 'Acquire::PDiffs "false";' > /etc/apt/apt.conf.d/50nopdiff

Одноразово можно так сделать:

# apt-get update -o Acquire::Pdiffs=false