По умолчанию в Time Machine бэкапится практически всё, включая совершенно ненужные файлы и каталоги — кеши, временный файлы и т.п.

В исключения надо добавить вот такие каталоги (для добавления произвольного каталога в селекторе файлов нужно нажать Shift+Cmd+g):

/var/vm

Это каталог с образами памяти, используется для суспенда, они довольно большие и точно не нужны в итоговом образе

/Library/Caches

~/Library/Caches

Разнообразные бесполезные для бэкапа кеши

~/Downloads

Скачанные файлы тоже в бэкапе не нужны

Также дополнительно нужно исключить:

~/Library/Application Support/Google/Chrome/Default/Application Cache

~/Library/Application Support/Google/Chrome/Profile 1/Application Cache

~/Library/Application Support/Yandex/YandexBrowser/Default/File System

Браузерные кеши, если вы пользуетесь профилями в браузере, то придётся ещё и кеши для них исключать (Profile 1 и т.д.).

Образы ненужных виртуальных машин.

Примонтированные защищённые разделы, например, через encfs.

Разнообразные медиа-каталоги, например, ~/Movies.

Каталоги с временными файлами, например, /tmp и ~/tmp (если вы такой локально используете).

Возможно, имеет смысл исключить из бэкапа сетевые хранилища типа Dropbox или YandexDisk.

Исключать из бэкапа каталог с homebrew не стоит, так как файлы из него расползаются по другим системным каталогам.

Есть ещё один подозрительный каталог — /private/var/folder, в него складывает скачиваемые файлы app store, например. И если установка какого-нибудь пакета сорвалась, этот файл будет там валяться. Система иногда при перезагрузке этот каталог чистит, поэтому я рекомендую перед бэкапом перезагружать машину, на всякий случай.

См. также http://essentialmac.co.uk/apple-mac-iphone-how-to/what-folders-to-exclude-from-time-machine-backups/